Hijo de campesinos zapotecas, nació el 21 de marzo de 1806 en la localidad de San Pablo Guelatao (en la actualidad, Guelatao de Juárez, en el estado de Oaxaca y cercana a la capital del mismo nombre). A los 13 años de edad, cuando se trasladó con su familia a la ciudad de Oaxaca (hoy Oaxaca de Juárez), aún no hablaba español. Protegido por un sacerdote español y con Domingo González como maestro, aprendió a leer. Se matriculó en el seminario oaxaqueño de la Santa Cruz, donde concluyó el bachillerato en 1827.
Al año siguiente ingresó en el Instituto de Ciencias y Artes, centro por el que se graduó como abogado en 1834. En 1833, dos años después de convertirse en regidor del Ayuntamiento de Oaxaca, fue elegido diputado.
De 1847 a 1849 fue gobernadorinterino y después electo de Oaxaca hasta 1852. En 1853 el gobierno conservador mando aprehenderlo y luego exiliarlo a La Habana. De allí a Nueva Orleans, donde contactó a otros liberales como Melchor Ocampo, José María Mata y Ponciano Arriaga.
Juárez regreso a México en 1855 para consumar la revolución de Ayutla. Era ministro de justicia e instrucciones públicas expidió La ley Juárez que extinguía los fueros militar y eclesiástico lo que provocó reacciones adversas. Siendo Ignacio Comonfort presidente, se promulgó la Constitución de 1857, cuyo contenido liberal decidió desconocer.
En enero de 1858 los conservadores depusieron a Comonfort y por ministerio de ley tocó de la Súper Corte. Se inició entonces la guerra de Reforma, al cabo de la cual Juárez ocupó la presidencia y falto de recursos, declaró la moratoria que a su vez desencadenó la intervención de Francia, Inglaterra y España; las dos últimas se retiraron mientras las tropas francesas ocupaban el país y hacían llegar a Maximiliano de Habsburgo para coronarlo emperador de México.
La lucha se extendió hasta 1867, con la victoria de los liberales y la restauración de la República, al frente de la cual siguió Juárez hasta su muerte, ocurrida el 18 de julio de 1872.