Categorías taxonómicas y grado de parentesco
Las categorías taxonómicas son aquellas cuya clasificación natural es jerárquica, es decir que los grupos estrechamente relacionados están agrupados en taxones de nivel más alto que los que se excluyen unos a otros, con lo que se sigue la línea evolutiva de diversificación. Los taxones de una buena clasificación natural deben ser monofíléticos: todos los miembros de un taxón monofilético poseen los mismos caracteres derivados y comparten un ancestro común, cosa que no ocurre entre los miembros de un taxón polifilético.
De este modo, las especies íntimamente emparentadas se agrupan en una unidad superior, el género; los distintos géneros a fines integran una familia, las familias se agrupan en un orden, varios órdenes forman una clase y las clases afines derivan de un mismo filum (o phylum; plural phyla).
La semejanza entre individuos pertenecientes a distintos taxones derivados de un ancestro común no siempre son evidentes; los individuos de un taxón pueden presentar, por ejemplo, un carácter primitivo (que se observa en el antepasado), mientras que dicho carácter puede haber desaparecido o quedado enmascarado en los individuos de otro grupo afín, que por otra parte pueden presentar un carácter avanzado o derivado, diferente del que corresponde al antepasado.
El grado de parentesco
Al ser difícil determinar con exactitud el grado de parentesco existente entre individuos mediante la observación de caracteres morfológicos, los taxonomistas recurren a técnicas bioquímicas de diversa índole.
La más fiel de todas ellas es la comparación de ciertas proteínas de dos individuos mediante secuenciación, es decir la determinación de las secuencias de los aminoácidos que componen dichas proteínas.
Estas secuencias sólo sufren cambios por mutaciones génicas, que son el motor de la diversificación; por tanto, cuanta más concordancia exista entre las secuencias de aminoácidos más estrecho es el parentesco.
No obstante, al tratarse de una técnica laboriosa y costosa, se utilizan otros métodos más simples, como las técnicas serológicas basadas en la comparación inmunológica de las proteínas de la sangre en los mamíferos, o en la comparación de proteínas por medio de la técnica de electroforesis en gel, o también por procedimientos citológicos que permiten comparar el número de cromosomas y el orden específico de las bandas cromosómicas de las especies emparentadas.