La fase de la insurrección popular encabezada por Miguel Hidalgo
Los acontecimientos anteriormente descritos demostraron al sector de criollos y mestizos radicales que era imposible todo intento de cambio pacífico quedando sólo la vía armada para obtener la independencia con respecto a España. Inmediatamente proliferaron conspiraciones en varias regiones con la finalidad de iniciar un levantamiento armado, principalmente en la región del Bajío, en donde había una economía pujante, un alto nivel cultural y cierta autonomía con respecto a la ciudad de México.
En septiembre de 1809 fue descubierta y disuelta una conjura encabezada por los militares José Mariano Michelena y José María García Obeso, en Valladolid, secundada por varios oficiales criollos, así como por miembros del bajo clero. Pero dicha conspiración poseía ya adeptos en otros lugares del centro, particularmente en San Miguel el Grande, Guanajuato, en donde el criollo capitán Ignacio José Allende comienza a realizar actividades de conspiración para obtener mediante la lucha armada la independencia de la Nueva España.
La conspiración se extiende llegando a Querétaro, en donde se reúnen bajo la apariencia de tertulias literarias los licenciados Laso y Altamirano, los comerciantes Epigmenio y Emeterio González; los militares Arias, Allende y Aldama; el cura Miguel Hidalgo y el corregidor de Querétaro, Miguel Domínguez y su esposa Josefa Ortiz, con la finalidad de preparar a la insurrección armada para los primeros días de octubre de 1810.
La conspiración es traicionada y denunciada ante las autoridades en los primeros días de septiembre, por lo que Hidalgo, Allende y Aldama deciden comenzar la lucha armada por la emancipación de la sociedad novohispana en la madrugada del 16 de septiembre.
Hidalgo reunió a los indios y mestizos del pueblo de Dolores, Guanajuato, convocándolos a luchar para sacudirse el yugo europeo y defender la religión católica, proclamando que la Virgen de Guadalupe era protectora de la rebelión. Este hecho es denominado como «El grito de Dolores».
Al llamamiento de Hidalgo responden centenares de campesinos pobres de las aldeas vecinas de Dolores y conforme avanza la muchedumbre se incorporan labradores, peones de hacienda, esclavos y miembros de comunidades indígenas.
La tarde del 16 de septiembre la muchedumbre toma por asalto San Miguel el Grande. Una vez obtenido el control de la comunidad son aprendidos los peninsulares y se incautan sus caudales así como las rentas reales. En ese lugar se une a los sublevados el regimiento de la Reina.
El 21 de septiembre de 1810 la muchedumbre sublevada ocupa la plaza de Celaya, Guanajuato sin presentarse resistencia alguna. En esa localidad unos 80,000 insurrectos proclaman a Hidalgo generalísimo y a Allende teniente general. Si bien, cada día se sumaban hombres a la insurrección se carecía de una organización militar que posibilitara la victoria final.
El ejército de Hidalgo continúa su avance hacia el centro del país y el 28 de septiembre toma Guanajuato, en este lugar los insurrectos tuvieron que abatir una férrea resistencia por parte de los españoles.
El ejército insurgente se dirige a la ciudad de Valladolid, Michoacán, entrando el 19 de octubre de manera pacífica. Nuevamente se presentan acciones vandálicas, pero Allende establece el orden en la ciudad. En ese mismo día Hidalgo expide un decreto donde se abolía la esclavitud y el pago de tributos de las castas.
En Indaparapeo, Michoacán, se le une José María Morelos y Pavón, quien era el cura de Carácuaro, Michoacán, con el propósito de ofrecer sus servicios como capellán del ejército insurgente. Hidalgo, intuyendo la capacidad de Morelos, lo nombra su lugarteniente y lo comisiona para difundir la insurrección popular en las costas del sur, y tomar el puerto de Acapulco, Guerrero.
La aproximación de los sublevados a la ciudad llena de terror a la población, puesto que se difunden rumores que los habitantes de esta urbe sufrirían el mismo destino que los peninsulares de la ciudad de Guanajuato y que sus bienes serían robados por la muchedumbre.
A finales de octubre, el ejército de Hidalgo entra a Toluca, Estado de México, en medio de repiques de campanas y aclamación popular. El 30 de octubre de 1810 los insurgentes se enfrentan a fuerzas realistas encabezadas por el brigadier Torcuato Trujillo en el Monte de las Cruces, Estado de México, obteniendo la victoria, pero el ejército revolucionario sufre un número significativo de bajas y no cuenta con suficientes pertrechos, además se hace evidente las falta de organización militar entre los insurgentes.
Se retiran hada Querétaro para reorganizarse y fortalecer el movimiento, pero inesperadamente se enfrentan con las tropas realistas encabezadas por el brigadier Félix María Calleja, el 2 de noviembre en San Jerónimo Aculco, donde los insurgentes sufren una terrible derrota.
Hidalgo marcha hacia Valladolid y Allende se dirige a Guanajuato. Cabe resaltar que para ese tiempo el movimiento armado, para obtener la independencia, se había propagado por todo elterritorio de la Nueva España, mediante caudillos regionales.
Rafael Iriarte tomó durante los meses de octubre y noviembre las plazas de León, Guanajuato; Aguascalientes, Aguascalientes; Zacatecas, Zacatecas y San Luis Potosí, San Luis Potosí. En el norte José María González extendió el movimiento en la región de Sinaloa, tomando las plazas de El Rosario, Mazatlán y San Sebastián. El amo Torres ocupó Colima; Sayula y Zocoalco y el 11 de noviembre entra a Guadalajara. Por último, el cura Morelos y Pavón inicia su campaña militar en la región del actual estado de Guerrero.
Es decir, Hidalgo se había radicalizado de tal manera que está consciente que dirige un ejército que busca la independencia política y la emancipación tanto económica como social del pueblo novohispano sin distinción de posición económica.
El bando realista recupera Valladolid y se reorganiza para atacar al principal núcleo insurrecto. El 17 de enero de 1811 las tropas realistas encabezadas por Calleja se enfrentan a los insurgentes en Puente de Calderón, lugar cercano a Guadalajara. A pesar de que el ejército revolucionario era mayor que el realista, es derrotado de manera total puesto que carecían de armamento y de organización militar.
En la huida, Allende, Aldama y otros jefes insurgentes deciden quitar el mando militar a Hidalgo y solamente dejarle la autoridad política. Los caudillos revolucionarios llegan a Zacatecas, posteriormente se trasladan a Saltillo donde consideran posible reorganizar nuevamente la lucha armada. En ese sitio se nombra al licenciado López Rayón y a José María Liceaga, jefes militares encargados de continuar el movimiento revolucionario.