Reinado de Felipe II
La corte de Felipe II quedó establecida en Castilla, uno de los reinos españoles donde mayor descontento había provocado el ausentismo de Carlos I y la subordinación de España a la política imperial. Felipe II unificó la política de todos los reinos ibéricos; en 1580, siendo ya soberano de Aragón, Castilla y Navarra, incorporó la corona de Portugal a su vasto imperio. Dicha afiliación fue fruto de una política de alianzas matrimoniales.
Cuando recibió la corona portuguesa, Felipe prometió respetar las leyes y tradiciones locales, distribuir los cargos públicos exclusivamente entre los nativos de la región y mantener la debida autonomía entre las colonias de portugal y las de españa.
Las dependencias ultramarinas de la corona españoIa continuaron ampliándose durante su reinado:
En 1565, la expedición de Miguel lópez de legaspi, que había partido un año antes a la Nueva España, implantó una colonia en las islas Filipinas.
En América se incorporaron continuamente nuevos territorios a los núcleos coloniales. Por algún tiempo, España se apoderó del Pacífico sin que ninguna otra nación europea le disputara este dominio. Fue a partir de 1578, cuando tal exclusivismo empezó a verse amenazado, fecha en que por primera vez navegaron por las aguas del mar del Sur varias naves de corsarios ingleses.
Los piratas gozaban de un abierto apoyo por parte de la corona inglesa. Para poner fin a estas invasiones, la monarquía española envió reiteradas notas de protesta a la Reina Isabel de Inglaterra, demandándole que cesara el respaldo oficial a la piratería; sin embargo, las gestiones diplomáticas fueron inútiles ya que la política inglesa no varió y sobrevino la ruptura entre ambos países.
En 1588, la armada española fue totalmente aniquilada en su primera y única batalla, dejando entre ver que para ese entonces Inglaterra se había convertido ya en una potencia naval. El desastre español dio oportunidad, tanto a Inglaterra como a Holanda, de seguir en lo futuro una política ofensiva contra las posiciones ibéricas de ultramar.
Al morir Felipe II en 1598, es sucedido por su hijo Felipe II. Para estos últimos años del siglo XVI se había logrado afianzar un absolutismo en los reinos peninsulares. Asimismo, en las colonias americanas se había logrado consolidar el poder monárquico sobre la base de un complejo aparato burocrático directamente dependiente de la corona. llegaba así a su culminación la hegemonía de España, apareciendo los primeros síntomas de la decadencia.