Último gobierno de López de Santa Anna
A mediados de 1848 asumió la presidencia José Joaquín Herrera, quien gobernó hasta 1851. Durante su mandato se volvieron a instalar los poderes de la unión en la ciudad de México y organizó el combate contra los levantamientos indígenas como los realizados en la Sierra Gorda, la Huasteca y en la península de Yucatán. Este último conflicto se convirtió en una sangrienta guerra entre indígenas y blancos, el cual es denominado como «la guerra de castas».
Herrera al terminar su periodo como presidente, transfirió la investidura del ejecutivo al general Mariano Arista, quien ganara las elecciones de 1850 y el 15 de enero de 1851 asumió la presidencia de manera pacífica.
En los meses de septiembre y octubre de 1852 estalló en Guadalajara una rebelión contra el gobernador López Portillo, encabezada por el coronel José María Blancarte, el cual, al cobrar fuerza y apoyo en otras entidades, se transformó en una sublevación contra el gobierno de Arista. Los rebeldes exigieron la renuncia de Arista al cargo de presidente, el establecimiento de un nuevo Congreso y el retorno de López de Santa Anna al mando del ejecutivo.
Por el bando conservador el responsable de la carta fue Lucas Alamán y por parte de la facción liberal Miguel Lerdo de Tejada.
En abril de 1853, López de Santa Anna asumió el cargo de presidente y designó como miembros de su gabinete a integrantes del partido conservador, encabezando a éstos, Lucas Alamán. López de Santa Anna suspendió las funciones tanto del Congreso general como de las legislaturas locales y expidió un reglamento denominado Bases para la Administración de la República, con el cual invalidaba la Constitución federal.
La política fiscal fue desmesurada y absurda. En agosto expidió una ley para que los presos políticos debían ser sumariamente juzgados en consejo de guerra y ser fusilados en seguida. En noviembre restauró la «Distinguida Orden Mexicana de Guadalupe», fundada por Iturbide, y se autonombró el Jefe Supremo y Gran Maestro de la Orden. Los ministros que no aceptaron el grado de caballero fueron sustituidos de sus cargos y declaró consejeros honorarios a obispos y arzobispos del país.
A fines de 1853 surgió un nuevo conflicto contra los Estados Unidos: el gobernador de Nuevo México declaró que el territorio de la región denominada la Mesilla pertenecía al territorio norteamericano, por lo que la ocupó. El Estado mexicano reclamó a Washington; motivo por el que establecieron negociaciones, entre las cuales se concertó la venta de la Mesilla por parte de López de Santa Anna a los Estados Unidos por diez millones de pesos, con lo cual México sufría una nueva mutilación de su territorio.
El primero de marzo de 1854 fue proclamado el «Plan de Ayutla», el cual desconocía a López de Santa Anna como presidente de la República y se solicitaba un presidente interino, así como la convocatoria para un Congreso que expidiera una Constitución. Esta revuelta estaba impulsada por el general Juan Álvarez, quien fuera compañero de Vicente Guerrero, el coronel Florencio Villarreal e Ignacio Comonfort.
Hacia la mitad de 1855 los rebeldes tenían en su control varios ciudades y regiones importantes del país, por lo que el dictador abandonó la capital el 9 agosto de ese año para dirigirse al exilio. La Revolución de Ayutla se nombró como presidente, en Cuernavaca, a Juan Álvarez, quien formó su gabinete con liberales tanto moderados como radicales.
Entre los miembros del gabinete de Álvarez destacaron Melchor Ocampo en la cartera de Relaciones; Benito Juárez en Justicia; Guillermo Prieto en la cartera de Hacienda y en la cartera de Guerra, Ignacio Comonfort. El gabinete fue modificado poco después por pugnas internas entre los liberales radicales y los moderados.
Ante la posibilidad de reiniciar otro enfrentamiento civil, Juan Álvarez renuncia al ejecutivo; se nombra en su lugar al general Comonfort el 18 de diciembre de 1855.
En febrero de 1856, Comonfort, de acuerdo con los principios del la Revolución de Ayutla, instaló un Congreso Constituyente, el cual emitiría una Constitución en 1857 de matiz liberal.